目前我国多式联运却同时面临着交通基础设施衔接不畅的“最后一公里”和规则相互割裂的“最后一厘米”双重难题。
业内普遍认为，多式联运要求实现多种交通方式的无缝衔接，其中最大的难点在铁路。目前，长江沿岸的港口中，实现铁水联运的港口比例很小。
长江轮船公司总船长王嘉玲说，以重庆为例，重庆的十余个港口中，截至今年上半年，实现铁水联运的港口只有5个，而武汉沿长江的17个港口中，与铁路接轨的也只有6个。一些港口的进港道路仍是城市公共道路，每一次转运就要额外支出装卸、运输等成本，物流的总体成本也将大大增加，抵消水路的价格优势。
其中，规划脱节是导致交通基础设施衔接不畅的主要原因。以前铁路和水路分属不同的行政部门。现在铁路虽归交通部门管理，但与地方规划接轨仍有很大问题。王嘉玲说，以长江沿岸某市为例，该市的铁路规划全部在城市的西面，水路却在城市的东面，铁路和水路相距甚远，如何衔接?
长江中游某市交通部门的一位负责人说，铁路规划权在国家，某种情况下无法满足地方需求。铁路总公司是企业，也要考虑投入产出、人流物流等问题，而地方的港口规划不得不依江而建，当两者利益无法协调时，难免出现脱节。
“硬件上的衔接相对容易，制度规则上的联通才是最难的。”李牧原说，目前多种交通方式看似无缝衔接，但由于铁路、公路、水路等不同运输方式管理体制的相互割裂，各自的运单、载距等差别巨大且无法互认，关检的规则效率也各不相同，“最后一厘米”问题导致多式联运的制度成本高昂。
以运单为例，按照国际惯例，水运运单可作为信用凭证在金融机构融资押汇，货主用10%的资金就能提走100%的货物，而铁路运单则无法融资押汇，两者无法实现互认共享。
罗书权说，“最后一厘米”难题导致每更换一次交通方式都要重新开具运单，再重新通关过检，阻碍着多式联运的实现。
