1.成本居高不下。目前，生鲜冷链物流成本比普通商品高出1～2倍，冷链成本占销售额25%～40%。成本的降低寄希望于规模化，若规模化成型的话，未来冷链成本的下降会直接带来售价的下降。
2.质量控制难。目前国内生鲜电商采取的冷链配送主要有两种，用制冷设备运送，如冷藏车；用保温设备运送，如保温箱。前者存在冷气易散失、容易脱冷等弊端，后者则存在保存时间短、强度差等。
3.行业标准缺失。生鲜商品本生非标准化产品，对温度、储存要求不一，行业没有形成标准，执行存在困难。使用全程冷链物流的企业则是为了树立自己的品牌而自定标准来运作，冷链的质量无法得到统一保证，具有可执行性的行业标准亟待出台。
生鲜电商的发展从长远看，实际上是生鲜产品规范化、系统化、互联网化的过程。这又是一个长期工作，需要政府推动和政策扶持。2007年中央一号文件明确要求积极发展鲜活农产品冷藏和低温、仓储、运输为主的冷链物流系统，商务部发布初级生鲜食品配送良好操作规范。2014年9大农业补贴项目中有8项与农产品物流相关，有6项与冷链物流、储藏保鲜相关，资金补助金额最高达2000万元。国家出台和推出的一系列利好政策，意在推动冷链物流的发展，这给国内生鲜电商的发展带来了巨大的机遇。
2013年电商市场发展活跃，生鲜电商随着电商的发展大趋势而发展，更多资本注入生鲜电商，内部资源不断整合。顺丰优选凭借母公司“顺丰快递”的仓储物流优势进入生鲜电商行业；一号生鲜利用一号店的采购经验，大做生鲜产地源头资源。此外，伴随国家政策的拉动，联想大势宣传互联网农业，阿里集团从淘宝、天猫、聚划算、支付宝、物流全线渗透生鲜领域，海尔巨资打造农村电商物流市场，这对生鲜电商物流的建设和发展都是利好消息。
