我国当前冷链物流存在的问题，主要表现在：我国冷链物流硬件运输设备和基础设施缺乏、陈旧，并且发展和分布不均衡是制约冷链物流发展的重要原因。
与发达国家比较，冷链物流硬件运输设备和基础设施严重不足，并且原有设施陈旧老化、分布不均，无法为冷链运输食品流通提供温度保障。在我国，食品冷链物流采用率比较低，一些冷链运输食品在物流配送中并没有使用冷藏车。
其次，行业标准不完善。目前冷链物流行业标准除了标准本身的不规范，还包括标准制定者的不规范。该行业标准是由相关企业来制定的，在标准的内容上不免失去公正客观性。虽然越来越多的协会和部门都开始制定冷链的相关标准，但在内容上，地方标准、行业标准、国家标准相互交叉，没有统一的规范，导致标准体系建设很不完善。
此外，缺乏系统冷链物流管理。在目前的冷链物流市场中，冷链体系管理仍是一片空白，多数企业都还在低水平运作。企业较强的整合能力与管理水平等软实力成为其有冷链效保障物流供应链运作的必要条件。
企业要采取多种途径，锻造企业管理软实力。要增强冷链物流供应链管理水平建设，通过管理模式的升级，对冷链物流供应链整体服务水平进行统一规划，打造灵活高效的冷链物流管理系统，提升运作效率，减少相应损耗。
冷链经营技术要求高、投资大
由于食品冷链是以保证易腐食品品质为目的，以保持低温环境为核心要求的供应链系统，所以它比一般常温物流系统的要求更高，更复杂，建设投资也大。而目前我国的冷链系统还只是一个早期的冷冻设备市场，掌握的冷链技术在很多食品种类上还不能完全应用，相对于国际先进水平差距很大。
冷链设施和监管机制不完善
国内冷链设施设备严重不足。目前,我国易腐物品装车大多在露天而非在冷库和保温场所操作，80%-90%的水果、蔬菜、禽肉、水产品都是用普通卡车运输。仅水果、蔬菜等农产品在采摘、运输、储存等物流环节上损失率就达25%-30%，损耗量居世界首位。造成这种窘境的直接原因是我国冷链设施和冷链装备严重不足，原有设施设备陈旧，发展和分布不均衡，无法为易腐食品流通系统提供低温保障。我国冷链的实施没有国家或行业的专项标准，只有一些大型食品生产加工企业自己制定的一些标准，诸如冷藏链中对HACCP(危害分析和关键点控制)没有强制要求执行。因此，在监管上也是空白，缺乏具有执行力的食品质量监控体系。
第三方食品冷链物流发展滞后
中国易腐食品除了外贸出口的部分以外，大部分在国内流通的易腐食品的物流配送业务多数都是由生产商和经销商完成。食品冷链的第三方物流发展十分滞后，服务网络和信息系统不够健全，大大影响了食品物流的在途质量、准确性和及时性，同时食品冷链的成本和商品损耗很高。食品冷链缺乏上下游的整体规划和整合，易腐食品的时效性要求冷链各环节必须具有更高的组织协调性。
目前,我国缺乏供应链上下游之间的整体规划与协调，缺乏食品冷链的综合性专业人才。在冷库建设中就存在着重视肉类冷库建设，轻视果蔬冷库建设；重视城市经营性冷库建设，轻视产地加工型冷库建设；重视大中型冷库建设，轻视批发零售冷库建设等现象。
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