制约冷链运输发展的最主要因素是运输成本问题。以鲜虾市场为例，根据实地调查，在沿海地区要把鲜虾从养殖地运到市场，距离仅仅50公里，由于中间需要过海、加氧、先用保温船，在从保温船搬运到保温车，综合下来，每斤鲜虾的运输成就在2元多。如果长距离运输，要保证鲜活，则运输成本可想而知，因此远距离运输往往采用冰虾的冷藏运输。
在城市物流配送运输中，由于冷藏车使用的制冷设备是靠汽油提供能量的，由于城市交通问题，配送车辆有时往往需要长时间等待卸货，在长时间的等候的时间里，为了保持冷柜内零下18度的恒温，就需要一直给冷柜打冷，这就无形中加大了冷冻食品运输过程中的成本。因此对于市内运输的物流公司来讲，冷链运输的成本很昂贵。普通货运车一吨菜的运费是100块钱，冷运蔬菜成本基本会翻倍，上涨到200多块。冷链企业使用的冷藏车，不仅一次性投入大，在运输过程中的油耗也比普通货车高得多。一般来说，为了保鲜，一台30吨规格的货车一个小时就要增加5到6升的油耗用于制冷。
在冷链物流干线运输方面，除了运输成本高之外，冷链运输市场信息不对称，还存在着专业的冷藏运输车辆配货难问题。此外，一些中小企业为了降低成本，不按照全线冷链运输温控要求进行冷链运输，也给市场带来了混乱，出现了劣币驱逐良币的现象，使得严格按照冷链运输要求的企业显得成本高企，不具价格竞争优势。
此外，冷链物流是一个系统，如果仅仅冷链运输环节确保了冷链运输，但是在产品的搬运与装卸环节，在常温下进行作业，温度变化较大，在产品销售摆放时不能保证冷藏温度，使冷链“断链”，也不能保证货物质量。
这种“断链”的情况在乳制品的运输中就是常常发生的，那如果是因为这些原因的话，保质期内变质的可能性就很大了。
那相对来说，常温奶的运输就没有巴氏奶的要求那么高，在中国冷链运输体系并不完善的情况下，常温奶是个不错的选择，毕竟我们喝奶是为了补钙，钙成分并没有少。